Principalmente debes tener en cuenta que Bootstrap es una herramienta, puede que la uses y puede que no; la verdad del asunto va ser por lo que deseas hacer. Por ejemplo yo trabajo con Laravel y actualmente ya viene con eso agregado, lo usas si quieres o no, cuando lo usas generalmente tienes que cambiar el código CSS a conveniencia según el proyecto que estés realizando. Así que si quieres hacer algo bien siempre vas a tener que saber CSS puro. Suerte y Saludos