Hay varias ventajas, así como también algunas desventajas.
Ventajas:
·Es gratuito y generalmente la mayoría de los programas compatibles son gratuitos, pero no quiere decir que no existan "programas de pago" para Linux en general.
·Tienes alternativas en cantidad para todo, incluso para el gestor de ventanas, en Windows existe uno y solo uno, porque el S.O. es así, en cambio en Linux el gestor de ventanas no es "parte del S.O." sino que se integra al mismo, por lo que tienes alternativas archireconocidas: KDE-Gnome-XFCE, pero existen otras para ordenadores menos potentes, como Fluxbox o Enlightment
·Una de las mejores ventajas es que dispones de un "gestor de paquetes" con el cual puedes instalar los programas simplemente buscando e instalando directamente desde el mismo o bien desde la consola, éste gestor trabaja en base a repositorios, hay muchos por ahí, otra ventaja es que en Windows los programas debes actualizarlos tú uno a uno, sin embargo en Linux éste gestor de paquetes se encarga de actualizar todo, te notifica cuando hay actualizaciones, marcas lo que desees y listo.
·Cuando lo instalas generalmente ya viene con TODO lo necesario, incluyendo paquete de ofimática (OpenOffice), y demás, aunque debes añadir el soporte para codecs propietarios tales como Mp3, etc.. algo nada difícil considerando la ventaja del gestor de paquetes citada anteriormente.
·Es mucho más personalizable, convengamos que el simple hecho de escoger el gestor de ventanas ya es una ventaja para los que gustan escoger el aspecto, además existe Compiz Fusion que en mi opinión es una delicia!!
En fin hay muchas ventajas, pero también hay desventajas, como que empresas como Adobe no invierten en desarrollar su software para Linux por lo que no hay por ejemplo MSN, Windows Live Writer, Photoshop, etc.. pero tienes aMSN, emesene, Pidgin (para MSN), puedes usar ScribeFire (para Google Chrome o Firefox) en lugar de WLW, o bien Gimp para Photoshop, en todo caso puedes crear una máquina virtual donde instalar Windows XP, o Seven, o bien utilizar un emulador de Windows en Linux, como Wine, existe otro muy bueno, pero "de pago" (como dije en el punto uno) saludos y suerte! se feliz