Depende de la universidad. La ingeniería de Software es un subconjunto de la Ingeniería en Sistemas, por que en esta última te enseñan temas también de electrónica, ciencias sociales y hasta filosofía.
Si eso me han dicho pero mas que todo me gusta la que se enfoque mas en la programación si bien es cierto que ambas Ing pueden ser programador, quería alguna diferencia en este ambito