Puede ser por el pre-loader de las herramientas de cloudflare que carga el css y javascript de forma, no recuerdo bien como se llamaba la herramineta...
Hay una opcion para restaurar los archivos desde cpanel automaticamente dando click, nunca la he usado pero por lo que veo en el plugin es posible.
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No tiene porque configurar o desconfigurar cloudflare, yo ya se lo deje puesto para no tener problemas, incluso tu tienes doble filo en tu cloudflare...