Depende del tipo de web, por ejemplo en una de fútbol quedaría mejor estructurada si haces algo como:
Categorías: Partidos, Noticias, Ligas, Jugadores, Rumores...
Etiquetas: Barcelona, Real Madrid, Valencia...
Si creas una noticia de que Cristiano Ronaldo puede fichar por el barsa, entonce iría en la categoría de Rumores con las etiquetas, Barcelona, Real Madrid, esa noticia tendiera ya 3 enlaces internos de paginas indexadas por google lo que puede mejorar ligeramente el posicionamiento de misma con el tiempo.
Salvo que se sea una web muy grande con mucha autoridad no vale la pena intentar posicionar etiquetas, lo que si es que hay que hacer bien la web desde el principio, o la misma entre muchas etiquetas, categorías, post intentando posicionarse pude convertirse en un caos.
Por ejemplo: vegetales saludables, bien puede ser una etiqueta pero es posible que intentes posicionar esa palabra en un articulo, es aquí donde el seo onpage de la pagina tiene estar pensado para llevar la autoridad de la misma al articulo y que la etiqueta solo sea un apoyo.