Creo que se refiere a los tags que WP permite añadir al articulo y por otro lado a las keywords que se añaden en el All in one de cada artículo.
En mi opinión las Keywords són las palabras clave por las que queremos que los buscadores tipo Google, Yahoo, etc... encuentren nuestro artículo cuando alguien busque por esas palabras.
Sin embargo las etiquetas o tags son pequeñas referencias para clasificar un poco el contenido interno de la web y los usuarios puedan encontrar artículos relacionados con esa palabra en concreto.
Por lo que, para mi, unas ( tags )estan enfocadas a encontrar mejor el contenido interno de la web y mostrar articulos por una etiqueta en concreto y las otras (keywords) son para que los buscadores encuetren y posicionen mejor el artículo.
Asi pues y resumiendo creo que no afecta que se usen las mismas ya que su finalidad es distinta.