Núñez decidió entonces enviar al continente como delegado a Antonio María Pineda con el fin de reunirse con el presidente grancolombiano Simón Bolívar, para así planear la futura integración y apoyo a la causa independentista dominicana, tanto de España como de Haití; sin embargo, la comisión no logró llegar a tiempo para encontrarse con el Prócer, pues este había ya emprendido viaje al sur a consumar las campañas de independencia, las que mantenían a Bolívar alejado de Colombia y del gobierno, por lo cual no se logró que la República Dominicana integrase al proyecto bolivariano.
Debido al poco apoyo internacional y a la lucha interna por unificarse con Haití, la Gran Colombia o mantenerse como un estado completamente independiente, a tan sólo nueve semanas de que Núñez declarara la independencia las fuerzas militares de Haití dirigidas por Jean Pierre Boyer ocuparon el país, decretando su formal anexión el 9 de febrero de 1822.