De base es un error que le hayas puesto interfaz gráfica (pierdes recursos en vano, a menos que lo uses para otras cosas que no sea solo mover los vídeos).
Respecto al problema de subir los archivos, sucede a causa de los permisos de la carpeta, por lo que con cambiar esos permisos sería suficiente para que no te de problemas.
Por cierto, cabe mencionar que cuando hice ese tuto mi intención era explicar el funcionamiento de estas cosas, no como montarlo realmente en producción, ya que poner hotlinks a pelo en tu VPS da lugar a que, por ejemplo, cualquier otra persona use ese hotlink en su web y tu tengas que estar pagando los recursos que dicho ajeno use.
kj