Protección contra ataques rootkit: seguridad en el trabajo

hola muy buenas tardes,disculpen las molestias,pero estoy teniendo problemas en el sitio donde trabajo,tuvimos hace 2 dias un ataque rootkit el cual se le filtro a un usuario pero el al saber del ataque pudo bloquiarlo.

queria saber si hay alguna forma de apasiguar o detectar estos tipos de ataque en el sitio.e leido sobre Las soluciones MultiNivel pueden detectarlos y destruirlos.revisando por la web no encontre nada sobre este tema del multinivel.
tenemos publicidades,una seguridad en el sitio como en el sql.

estuvimos pensando que el script o imagen del rootkit la pueden infectar mediante el avatar,firma,o chat del foro o por algun formulario,tambien pensamos en como poder duplicarle la seguridad al sql injected.


pediria informacion al respecto por que no queremos que pase a mayor nivel este problema del sitio.

muchisimas gracias por leer

De que hablas porque no te entiendo muy bien.
Un rootkit en linux ? a nivel servidor un LKM ?
Yo siempre corro en cada servidor cada noche rhhunter
The Rootkit Hunter project - main page (redirect)

Si hablas de windows la gente de sysinternals tenían una heramientas gratuita