mande a desindexar todo el sitio desde webmasters, porque las url que quería indexar apenas eran 10, lo dejé así creo que 2 meses, luego de estar seguro que todo está solucionado volví a indexar la web. Si bien aun aparecían algunos 404, lo que hice fue poner 301 hacia la home a todos los 404 hasta que desaparecieran de google.
dependiendo que tan importante es tu web, podrías ver que opciones te son convenientes.
te dejo este link que me sirvió mucho:
Desindexar páginas en masa con Search Console