¡RESUELTO!
Tengo los dominios en Godaddy y un VPS con CentOS+VestaCP, explico paso a paso:
1.En el panel de Godaddy tenía los dominios apuntando a mi anterior proveedor de hosting compartido. Cambio las dns para usar las propias de godaddy y poder configurar un archivo de zonas dns personalizado.
2.En el manager de OVH tienes en la configuración de tu servidor VPS abajo del todo, "añadir dns secundario". Ahí introduces los dominios y te dirá que no se pueden agregar hasta que se compruebe que son tuyos, te indica como hacerlo, copia el código que aparece en la parte superior de la página.
3.Vuelves al panel de godaddy (o el registrador que tengas) y en las zonas DNS borras todas y agregas solo una del tipo TXT, con el nombre o subdominio "ownercheck" y en el contenido el código que copiastes antes.
Quedaría así:
Registro: TXT
Subdomain: ownercheck
Content: xxxxxx
4. Vuelves al panel de control de ovh y ya puedes añadir los dominios al dns secundario, comprobará automáticamente que coincide el código del registro TXT.
5. Configura ahora en el panel del registrador las DNS para tus dominio. Primera DNS la dirección inversa de la IP de tu VPS (aparece en tu panel de control de ovh). La segunda DNS es la genérica de OVH.
DNS1: xxx.ip-xx-xxx-xx.eu
DNS2: sdns2.ovh.net
Pero OJO: Están apuntando a tu servidor entendiendo que tienes un DNS propio en tu VPS.
En mi caso con el panel de VestaCP cada vez que creo un espacio web configura todos los registros dns para el dominio automáticamente. Supongo que en cPanel, Plesk, etc.. funcionará igual.
Un saludo a todos y espero que sirva de ayuda ;-)