Hmmm una pregunta estas usando el wordpress multisite con el plugin the map address? (es el que te permite redireccionar los subdominios a los blogs que creas en multisite).
Yo tuve una experiencia queriendo migrar multisite, y nunca entendí porque por mas que copies y modifiques los archivos para el multisite, este nunca migra correctamente. Obligado si o si:
1. Migra tu copia de wordpress, quita toda configuracion de multisite del wp-config.php
2. Crea una nueva db, luego setea la copia como multisite y luego recién restaura la db.
3. No recuerdo bien si es que map address relaciona los paths, pero si es así y la estructura del path vario, entonces tienes que hacer los cambios pertinentes.
nunca supe si se llego a desarrollar alguna herramienta que llegue a hacer todo ese trabajo en una. La experiencia que tuve con multisite fue hace ya 2 años, has la prueba primero ya que lo que hice yo fue tomar una desicion en base a ensayo y error, no lo tomes como una solución fiable. El multisite que manejaba tenia 12 sites asi que no fue tan complicado, pero no que volumen de multisites estes manejando.
Un saludo y espero que haya sido de ayuda