Lamentablemente los virus para móviles sí existen y si es el caso de tu amigo, no puedo asegurarte que sus datos no estén ya en posesión de un tercero ( que se lo digan a Scarlett Johansson) Entiendo que la tarjeta que comentas es una microSD ¿correcto?
Tienes dos opciones:
1 La pruebas en otro móvil que no uses, por si está infectada que no se propague
2 La introduces en el PC, para explorar su contenido, si tu amigo usa Windows, que desactive las reproducciones automáticas para evitar que si hay un virus se pase al PC y después exploras en contenido de la carpeta S y si verdaderamente la información ha desaparecido (que no puedas verla en el terminal no tiene porqué significar que se haya borrado)
Si resulta que se perdió la información, puedes usar un software de recuperación de datos como con cualquier otra unidad, lo bueno es que al ser una unidad pequeña te llevará poco, si consigues rescatar los datos, respáldalos al disco duro y luego borra la carpeta s cambiando los protocolos de seguridad o con el programa unlocked que es gratis,luego formatea la tarjeta y revisa las aplicaciones que puedas tener instaladas en el móvil susceptibles de infección, si aún así desconfías que pueda estar infectado, restablece la configuración inicial, pero haz un respaldo de tus datos primero,en caso de que el problema persista, lo que queda es hacer un flasheo, pero eso no te recomiendo que lo hagas tú, sino que lo lleves a una tienda o un profesional. Suerte