Yo he tenido problemas de este tipo también. Al final tienes que recurrir a revisar los logs del server para bloquear manualmente direcciones IP o rangos de direcciones IP. Mira a ver con que User-Agent están entrando. Mucha gente no es consciente, pero Chrome actúa como las antiguas barras de navegador (como la Alexa Bar), que se servía de ellas la empresa, para inferir entre sus usuarios, del tráfico mundial de las webs más importantes. Chrome obviamente, registra, controla y monitoriza tus visitas, y se las manda a Google, y si están haciendo esto con un agente de Chrome pues podría afectar a tu ranking. Aunque si las visitas son de Afganistán, la teoría dicta que no debería afectar a otras "locales" como Google España...
Lo mejor siempre para estas historias es tener controlados los logs de Apache/Nginx/OLSC como te digo.