Hola junioryz, Puedes hacer dos cosas. Eliminar directamente la indexición desde Google Web Master Tools o redireccionar los errores 404 a tu página principal.
Para quitar la indexación de errores 404 de Google debes ir a la herramienta Search console de Web Master Tools. Dirígete a "Indice de Google" y luego a "Eliminar URLs". Allí pondrás eliminar manualmente cada URL de los errores 404. Dale en descargar a los errores y en un documento que te saldrá copias y pegas cada enlace donde dice eliminar URLs.
La opción 2 y la que te recomiendo para mantener un SEO equilibrado es redireccionar los errores 404. Para ello descargarte el plugin "All 404 Redirect to Homepage" y haz la configuración y listo! sin menos complique.