¡Hola, imarcos!
El reproductor que genera Flash es un ejecutable, y es tan susceptible como cualquier otro a ser infectado con un virus. Te recomiendo que pases un antivirus y un antimalware en la máquina en que estás generando el reproductor.
De todas formas, tené en cuenta que para reproducir Flash no se necesita Adobe Reader (que es para documentos PDF), sino el plugin de Flash para navegadores. Hoy en día muchos navegadores incluyen este plugin como parte de su instalación (Chrome, entre otros), y resultaría muy raro que una persona que tenga los conocimientos tecnológicos necesarios para interesarse por una revista electrónica no tenga una máquina con capacidades Flash.