Si aun no has podido solucionar el problema y quieres borrar todos tus favoritos puedes hacer esto o quizás me imagino que ya lo sepas
Lo primero que tienes que hacer es abrir el panel de marcadores desde la configuración de Chrome y la opción “Administrador de marcadores”
Una vez en esta ventana, a la derecha veras una lista con las diferentes carpetas de marcadores y a la derecha todos los marcadores que tengas guardados, puedes seleccionar cualquier marcador, apretar con el botón derecho del ratón y eliminar el favorito
Y sobre el problema lo único que te puedo recomendar es desinstalar Chrome y volverlo a instalar de nuevo amigo!!