¿Como gestionais la vida de vuestras variables?

Hola, estoy diseñando una aplicación con PHP bastante compleja, con módulos entrelazados entre ellos. Me surge una duda, ¿como gestionáis la vida de las variables? Me explico: mi aplicación consta de x módulos, todos los módulos reciben información y devuelven otra. Para evitar errores necesito tener controlado donde se genera la información en forma de variables y donde muere.

En definitiva, ¿que usais para diseñar las aplicaciones en PHP? ¿Como planteais la estructura, la arquitectura, el flujo de información? Con la idea de que escalarla no sea un quebradero de cabeza.

Gracias por vuestra ayuda de antemano.