Buenas,
Lo que te convendría hacer es tocar el código fuente del plugin.
Viendo así rápidamente, me fijé que en donde arma el "string" para formar la cadena para el link está en el archivo
shortcodes.php de la ruta
shortcodes-ultimate\inc\core.
Más específicamente fijate en la línea 425 de ese archivo y, en esa misma línea, fijate que arma el string; donde dice:
HTML:
<a href="' . su_scattr( $atts['url'] ) . '"
, después de eso le agregás el
rel="nofollow" (después sigue algo de "class="' . implode...."). Y con eso ya estaría.
Espero que te sirva.
Saludos y suerte!