Eso que dices no tiene mucho sentido. Si el contenedor se mueve será por los elementos que tienes dentro de él.
Puede ser imágenes, que deben tener atributos width y height si o si para que no se mueva, y si usas algún plugin de lazyload que cambie la imagen src="" por un gif transparente o similar, debe tener las mismas medidas que las imágenes que luego aparecerán.
También puede ser tu publicidad, si usas adsense o similar, debes al menos ponerle un min-height al contenedor de cada ads para que se mueva lo menos posible.
Otro de los causantes de que tu sitio web se mueva, son las fuentes personalizadas, ya que, hasta que no cargue el archivo de la fuente, tiene otra fuente y al cambiar de repente sobre todo la 1º vez que no está en cache, pues se mueve la página...
Sin ver el sitio no se puede saber, porque pueden ser mil cosas, pero eso de que tengas que poner un margen al contenedor para que no se mueva, no tiene sentido.
Será por otra cosa 100% seguro.