Es imposible opinar adecuadamente sin conocer más detalles, en todo caso, para algo así sólo se me ocurre hacerlo manualmente. Lo que yo haría sería
1. Definir una nueva estructura de categorías.
2. Optimizar los artículos de acuerdo a prioridades.
3. Buscar links rotos con XENU.
4. En el nuevo search console identificar y solucionar problemas de cobertura del índice.
5. Limpiar urls externas.
6. Buscar problemas de contenidos duplicado.
7. Fusionar urls que hablen de un mismo tema (Si resultara pertinente).
8. Establecer prioridades de artículos a trabajar (Ver más abajo)
9. Una vez que sepas cuales son los artículos más relevantes, hacer el
interlinking, para ello necesitas conocer la web bien, igual te puedes ayudar con un simple buscar o con un plugin de contenido relacionado que te irá mostrando por cada artículo los que piensa que se relaciona. Si no quieres usar un plugin, el anuncio de contenido relacionado de Google podría servir.
10. Herramientas más sofisticadas como Semrush podrían ser de mucha utilidad.
Todo esto será un trabajo muy manual, por lo que tu mejor amigo será excel, necesitas establecer prioridades. Para ello:
Pasos previos:
1. Ir a Search Console, exportar todas las URL mediante un archivo .csv y luego a un excel.
2. Si usas AdSense, haría un informe determinando ganancias por países.
3. Si usas Google Analytics y lo tienes vinculado a AdSense, haría una lista de mayor a menor de cuales urls aportan más ganancias. Además me serviría para analizar que temáticas tienene más potencial de generar ingresos.
4. Igualmente con analytics, identificaría cuales son las urls con más rebotes.
Con la información anterior la idea es tratar de identificar cuales son los artículos que tienen más posibilidades de generar más ingresos y más visitas, una estrategia inicial sería identificar las urls que me podrían aportar más ingresoas, es decir, artículos con muchas impresiones y pocos clics, de temáticas y/o con visitas de países bien pagados y con alto rebote.
Me podría extender mucho más, pero realmente no conozco bien tu caso para hacerte un mejor aporte. Lo importante es organizar toda la información que puedeas recabar y analizar, los datos siempre dicen lo que uno necesita saber, sólo hay que saber interpretarlos.
Saludos