¡Hola! Puedes personalizar el encabezado y pie de página por defecto de tu sitio web en Jekyll modificando los archivos HTML correspondientes en la carpeta "layout". Para el encabezado, puedes editar el archivo "head.html" y para el pie de página puedes editar el archivo "footer.html".
También puedes agregar variables en los archivos de encabezado y pie de página para hacerlo más dinámico y más fácil de actualizar. Puedes usar el lenguaje Liquid para crear y exhibir estas variables.
Espero que esto te ayude. Si tienes alguna otra pregunta, no dudes en preguntar.