Bien eso es muy sencillo, en la nueva interfaz V3 de adsense una vez dentro de tu cuenta de google utiliza el link "ver informes completos" al lado Izq. apareceran las opciones "criterio de seguimiento personalizados" y "criterios de seguimiento de URL" este ultimo te permite ver cuanto te genera cada pagina, claro que primero tendras que agregar las URL que contienen los codigos de Adsense y que quieres seguir de esta manera. Esto no debe representar ningun problema pues claramente podras ver un boton con la etiqueta "Añadir URL para realizar seguimiento" de momento no mostrara nada cuando agreges las URL pero apartir de aqui empezaras a tener control sobre lo que genera cada URL.
Sobre el CTR y CPC debo comentarte que son meros datos informativos para que tengas una idea de como te estan pagando el clic y cosas de esas pero nada tiene que ver que esten ligados o que tengas muchas impresiones en un sitio y en otro no, pues es meramente informativo. Por lo que te aconsejo no te preocupes por ello, pero claro que todos quisieramos un excelente CTR y CPC pero eso va de acuerdo a tu vision y tu trabajo de Optimizacion.