Amigo, tendrías que analizar un poco más tu problema para determinar cuál es la causa de la lentitud ... porque a lo mejor hay varios cuellos de botella que no tienen que ver con la base de datos:
- Querys mal optimizadas.
- Diseño de las tablas ineficiente.
- Indices innecesarios.
- Triggers
A lo mejor revisando algunos de los puntos que te nombre puedes encontrar el problema. Yo no soy experto en MySql, pero me imagino que debe tener para analizar el rendimiento de las consultas que realizas.
Por otro lado, con Sql Server tampoco es la panacea ... yo trabajo todos los días con esa base de datos y he visto ocasiones en que se pone muy lenta ... y muchas veces optimizando los puntos que te nombre anteriormente se puede mejorar sustancialmente el rendimiento. No es una solución mágica cambiar la BD y que se solucione todo.
También tengo entendido que Sql Server no es gratuita, así que tienes que evaluar eso. Si no quieres gastar $$ podrías probar con postgresql.
Saludos