Si tienes ya sitios funcionando, o piensas mover sitios existentes, elige MySQL 5.5 o 5.6 (5.5 te aseguras 100% compatibilidad, aun que en raros casos solamente hay algun problema al pasar a 5.6)
MariaDB dicen que tiene grandes mejoras y muchas diferencias... Pero yo solo lo usaría en una maquina virtual para mis sitios propios, ya que cualquier error, lo arreglaré yo, pero con MySQL te aseguras una comunidad gigante y documentación para solucionar cualquier problema/error.
PD. MySQL 5.5 llega al fin de su vida a fin de año, así que si quieres, puedes ya partir con 5.6