Prestashop si la tienda es más importante que el contenido, y Woocommerce si lo contrario (contenido me refiero que quieras destacar mucho contenidos como instrucciones de uso, propiedades de los productos que vendes, etc...). Además con Woo tendrás todas las ventajas de WP (infinidad de plugins gratuitos, etc...) y también sus inconvenientes (multi-idioma mal conseguido, etc...).
Yo recomiendo Prestashop si la tienda "lo es todo", y Woo si quieres tener un buen contenido "y además" vender algun producto. Como tienda en sí, Prestashop es mucho mejor.