Si son miles lo mejor es que los distribuyas entre varias paginas. Si son cientos, da igual que lo hagas en el index que una pagina. Ahora lo que si tienes que tener en cuenta es que tienes que tener un anchor text diferente para cada pagina. Y no cambiar el anchor text más o menos (depiendo de lo antigua que sea tu pagina, y si se le ha hecho posicionamiento o no) unos 300 backlinks. A partir de hay tienes que cambiar no la key, si no el nombre. Ejemplo: Supongamos que posicionas pepe | tiovago , cuando llegues a 300 links cambias a jose | tiovago.
De esta manera a google le parecera diferente, pero lo asociará con tu palabra clave.