Yo maneja Joomla hace un tiempo, te puedo contar mi experiencia. Joomla es increíblemente flexible para agregar intems de productos, además se puede manejar inventarios por categorías de forma profesional, con los modulos hace casi lo que quieras, o sea los colocas en el front, en una pagina idividual y solo los asignas/clonas u otras funciones que ahorran tiempo. Pero para mi es muy pesado, o sea por mas liviana que tengas la plantilla siempre es pesado y en seo no es muy amigable aunque por htacces puedes poner las url como quieras.
Wordpress obviamente también se puede, también requieres plungis y todo depende netamente del theme y el plugin que uses, pero yo estuviera en obligación de hacer un sitio de comercio lo haría con wordpress.
Ademas, si tienes conocimientos de php creo que puedes hacer maravillas y sabras defenderte mejor que con joomla que integra mas lenguales como jQuerty e inifinidades de plugins y hacks en muchos lenguajes.
Ojala te sirva de algo.