Podrías vender licencias, que cuando se instale el theme en el sitio, antes de ejecutar las funcionalidades deba ingresar la licencia.
Que este la envíe a tu servidor y compruebe si es una licencia válida, allí podrías validar si es una licencia para un dominio en particular o para varios dominios, etc.
Que el servidor responda al sitio un verdadero o un falso dependiendo si la licencia es válida o no.
Si es verdadero, quiere decir que la licencia es válido y por lo tanto, debe activar la plantilla, sino, denegar la activación.
Podrías encriptar la respuesta en la base de datos y comprobar cada cierto tiempo esta llave con algún algoritmo que tu inventes para que no sea manipulada.
No sé, se me ocurre.
Quizás ya existe algo para esto y que puedas usar de una forma más simple para controlar tus licencias.