No hay un CTR promedio, o un CTR que se considere "normal"
Cada web es un mundo, hay webs de temáticas muy concretas que los anuncios que aparecen de adsense son super relacionados con la temática y dan muchos clics, por tanto tienen un CTR hasta quizás de 20%, pero es totalmente normal, adsense no les dirá nada porqué son muy rentables esos clics.
En cambio una web de temática viral por ponerte un ejemplo, donde se envíe tráfico de FB y tenga un CTR de 12% pues adsense lo considerará alto y seguramente te baneará, en esas temáticas sobre un 2-3% está bien, pero como te digo todo va en relación a la temática, yo he tenido CTR´s de 23% y no me ha pasado nada, eso si, con una web con todo el trafico orgánico y los anuncios que aparecían eran super relacionados con lo que es muy facil que hagan clic en ellos.
Saludos