Cuantificación del color en animales a través de fotos estándar

Hola, mi nombre en Fernando, soy Biólogo y trabajo en el Museo de Cs. Nat. de Buenos Aires. Estoy interesado en poder cuantificar el color de los animales a través de fotos estandarizadas. La idea sería básicamente obtener fotos de diferentes individuos con alguna cuadrícula de colores, luego estandarizar las fotos entre individuos para poder compararlos y luego obtener métricas del color en determinadas regiones del cuerpo. Si bien las sesiones de fotos pueden ser realizadas estandarizando muchas cosas (distancia focal, distancia de la cámara, iluminación), va a existir variación entre fotos. Para poder comparar entre fotos de distintos individuos es necesario que estas fotos estén escaladas a la misma referencia de color (mi idea era colocar un cuadro de colores estándar en cada fotografía, siempre el mismo en todas las fotos). Una vez estandarizadas las fotos el proceso sería digitalizar círculos en distintas partes del cuerpo fotografiado y poder obtener métricas de los pixeles que caen dentro de estos círculos. Estas métricas pueden ser referidas al brillo, intensidad, etc o métricas referidas a la composición RGB.
Lo que estoy buscando es información de cómo hacer esto y que programas se pueden utilizar. espero haber sido claro en la explicación, cualquier duda, aquí estoy. Muchas gracias!!!

Hola @fmapelli - es un poco complicado entender todo lo que indicas sin un ejemplo.

Photoshop tiene herramientas para revisar colores (cuentagotas que permite ampliar las áreas a medir) y herramientas avanzadas para diseño.

Pero no sé si es exactamente lo que andas buscando. Con un ejemplo sería más fácil poder seguirte.

Básicamente requieres un Color Chart estandarizado.

Evidentemente estos no son a prueba de agua, ya que son parches de color muy sensibles a la suciedad, incluso a tocarlos con los dedos. Pero puedes meterlo en una bolsa transparente muy bien sellada. No uses plástico lechoso. Yo usaría de celofán pero revisa el sellado. Refuérzalo con DuckTape resistente al agua.

El más usado es Color Checker que antes era de Xrite https://calibrite.com/es/product/colorchecker-classic/
Y la otra opción es el Datacolor.

Para el proceso hay tutoriales en youtube, pero básicamente:

1.- Prerequisito: Tener una fuente de iluminación con un CRI aceptable. Yo usaría sin dudarlo flashes de estudio, quizá con difusión.
2.- Determinar la exposición correctamente, como no puedes tener un exposímentro bajo el agua, quizá usando una tarjeta gris.
3.- Puedes definir tu balance de blancos personalizado o usar "Sun" Esto te sirve para las fotos JPG de la cámara.
4.- Usar el formato RAW para las fotos.
5.- Fotografiar el Color Chart.
6.- Tomar tu sesión de fotos con los mismos valores.

7. Generas un perfil de color para la sesión de fotos usando el software propio, o de Calibrite o de Datacolor. Probablemente requieres convertir el formato RAW específico de tu cámara a uno genérico como DNG (usa el DNG converter de Adobe)
8. Usas un programa como Dartable, Raw Therapee o Lightroom, y cargas la información del perfil de color generado de la sesión.
9. Lo aplicas a toda esa sesión.
10. Exportas a un formato requerido, digamos PNG o TIF.