Depende de donde seas... pero si eres de España, tu cliente te pide factura y tu le envias una factura de Paypal sin IVA, es como si le estuvieras enviando papel mojado... no sirve para nada.
Otra cosa es que tu le envies una factura con IVA desglosado y no estes desglosando el IVA: Si encima le pones tu DNI en la factura te va a llegar una multa próximamente por no declarar tus ingresos.
Solo como dato a que tengas en cuenta, existen empresas que para pagos puntuales estan muy bien. Se llaman cooperativas de trabajo asociado: Te van a cobrar muchas comisiones, pero es lógico, ellos tienen que pagar el impuesto de sociedades por tu IRPF, ya que en el fondo, quien factura es la empresa en tu nombre, tu solo pones la mano. No es una historia muy legal que digamos, pero es mucho mas legal que lo que estas haciendo ahora mismo, y de momento, teniendo tan pocos ingresos, te curas en salud.
También es cierto, que si son trabajos muy muy puntuales, como dices, dos veces al año, puedes facturarlos incluso como gastos de formación hasta un tope, com un recibo, que te aplique las retenciones la empresa y fuera. Mirate esto:
?Como se factura la formacion? ?Con o sin IVA? | Infoautonomos
Sea como sea, como estas haciendo ahora esta mal y te puede traer problemas. Si son menos de 3000 euros en total, dicen que las alarmas no saltan, pero el riesgo sigue estando ahí. Yo no me la jugaria y me iria a cualquiera de las dos opciones (gastos de formación con retenciones, o cooperativas de trabajo asociado)