Ya que tienen capas e imágenes, en muchas ocasiones, se pueden "eliminar" las capas y comprimir las imágenes, más que comprimir el PDF lo que estás comprimiendo es el contenido interno del PDF.
Le estuve echando un ojo al programa y la verdad no me gustó mucho, lo vi demasiado simple y con la configuración por defecto no fue capaz de comprimir un archivo grande, creo que seguiré optando por IlovePdf, el servicio en línea. La activación también es algo compleja, sin necesidad, si estás pagando (aunque no es el caso pero supongo la activación es igual si pagas) por un programa creo que deberían facilitarte la activación y no abrirte ventanas pop-up para confundirte. Muchas cosas a mejorar por parte de la empresa. @Jesuiz