Si desindexas los tags que dices que se encuentran posicionados para ciertas keywords, pues exacto, vas a perderlas pues van a desaparecer del indice de Google.
La razon por la que se dice que las tags deberian desindexarse, colocarle no-follow, o no utilizarse, es debido a que generan contenido duplicado asi como las otras taxonomias... Solo que la cosa se multiplica un monton con los tags. Y pues tambien riegan un poco el link-juice, cosa que no es conveniente a la larga.
Mira a ver si vale la pena desindexarlas, si no te llega mucho trafico de ellas, o si piensas que puedes volver a rankear las keywords desde algun post o categoria...
Un saludo y espero haberte ayudado 🙂.