Como te han dicho cpa es que cobras si el usuario paga, te llevas una comisión y cpm te pagan x por cada 1000 impresiones.
Sobre cuál funciona mejor, depende más de la calidad de tu tráfico.
Es cuestión de lógica si tú tienes 1000 visitas diarias de gente que viene buscando por ejemplo como hackear facebook y tienes que promocionar cpa sobre como hackear facebook, evidentemente te va a convenir más cpa porque vas a ganar más con esa cantida de tráfico que si te pagan por cada mil impresiones.
Si tu tráfico es de mala calidad, no está segmentado correctamente y los metes en cualquier campaña sin saber qué intereses tienen, lo lógico es que no consigas nada con cpa y algo con cpm.