En términos generales, no hay nada de malo en poner keyframes, media-queries y equivalentes en cualquier lugar de tu hoja de estilos CSS. La ubicación de estas clases especiales no afecta su funcionalidad.
Sin embargo, es una buena práctica mantener tu código organizado y fácil de entender. En este sentido, muchos desarrolladores prefieren agrupar todas las clases especiales al final de su archivo CSS para tener una mejor visibilidad y eficiencia en el mantenimiento.
Otra opción es utilizar preprocesadores de CSS como Sass o Less, que permiten definir variables, mixins, funciones y clases especiales en archivos separados y luego compilar todo en un solo archivo CSS. Este enfoque puede ayudar a mantener tu código organizado y modularizado.
En última instancia, la elección de dónde colocar estas clases especiales en tu código es tuya, siempre y cuando seas consistente y mantengas tu código legible y fácil de mantener.