Difícil sin ver el caso concretamente, pero, si tienes algo de conocimiento de programación con el plugin
https://es.wordpress.org/plugins/query-monitor/ puedes ver qué es lo que más consume. También desde SSH con htop puedes ver qué web está consumiendo y también puedes ver los logs del servidor en (al menos en hestia, supongo que en vesta es la misma ruta):
/var/log/nginx/domains/
Editas con nano los archivos .log tanto los que pone .error. en el nombre como los normales. Los de .error. te indicará los errores que se han producido en ese dominio y sería bueno solucionarlos si los tienes habitualmente, ya que si tiene errores continúos consumirá más cpu, etc... Y los otros te dice qué ips y a qué ruta están accediendo cada persona que entre en tu sitio web.
Yo hace poco configuré un servidor nuevo y no sé por qué, me iba lentísimo todo, no tenía sentido y según vi en los logs de acceso había bots que se estaban metiendo continuamente en rutas que NO tenían cache y a cada segundo miles y miles de peticiones, haciendo que la CPU se disparase a cada rato y haciendo los sitios webs MUY LENTOS.
Enfin, que puede ser muchas cosas... Que tu sitio use un theme o plugin que estén consumiendo demasiado por lo que sea, que estés infectado (no todo es detectable con esos plugins que usas) o que te estén atacando... En mi caso me estaban atacando continuamente, al cambiar de servidor y tener IPS nuevas, al volver al antiguo con ips antiguas, no me ocurría, entonces creo que ya estaban atacando a esas ips que me había asignado OVH.
Lo que hice fue bloquear todas las rutas que vi que se repetían en los logs constantemente y después de eso la CPU bajó a 0 prácticamente.