El LinkBuilding debe ser lo más natural posible, por lo que debes realizar enlaces tanto a la página principal como a las categorías, y a los artículos también. Lo más normal es que una web reciba más enlaces entrantes desde su URL principal, por lo que no pasará nada por tener más enlaces a la home que a otras categorías o artículos.
Con respecto a la autoridad, las dos opciones son DA y PA. La Autoridad del Dominio (DA) subirá de forma global según el dominio tenga backlinks, en su conjunto, da igual donde apunten. Por su parte, la Autoridad de Página (PA) subirá de forma individual conforme una url tenga backlinks, por lo que podríamos decir que los backlinks, dependiendo de donde los hagas, subirá la PA hacia donde apunten, pero también el DA de forma global en todo el dominio. Subir el DA es más difícil que aumentar el PA. Para decir esto me baso en mi experiencia, no en ningún tutorial o definición.
Lo óptimo es tener una buena estructura de enlaces internos, de forma que si creas un backlink a la página principal, y la página principal se encarga de distribuir ese poder entre los distintos enlaces de tu web (enlazando a las distintas categorías, artículos principales y demás desde la home), ese LinkBuilding será mucho más potente y distribuirá más Link Juice a todo tu sitio. Al igual que si se lo creas a una categoría, y en la url de esta categoría enlazas a los artículos que se encuentren en ella, estos artículos también se verán beneficiados de ese backlink, aunque no lo hayas creado directamente hacia ellos.
Ten en cuenta también que no todos tus enlaces pueden ser FOLLOW, aunque sean los que distribuyen autoridad, un perfil natural de enlaces posee tanto enlaces FOLLOW como NO FOLLOW.