1- El enlace en el debe ir en el archivo PDF, si la web donde lo subirás te permite colocarlo hazlo, pero no tiene mucha relevancia puesto que el texto que puedas agregar será muy corto para que cuente para google.
2- Cada sitio bookmark funciona de manera distinta, a menos que estén hechos en base a un script especifico, por lo que debes buscar la forma en la que funcionan.
Deberías buscar donde diga submit content, submit link, subir noticia, agregar enlace y cosas de esas, generalmente están en la parte superior de la web, cuando ya te has logeado.