En mi experiencia, los artículos y preposiciones sí varían la palabra clave. Tengo posts en primera posición para una frase clave "*** *** de ***", y en 4ª posición para la variación "*** *** para ***"
Respecto a tu otra pregunta, la palabra clave de cola larga únicamente incluye la palabra clave principal si hay un conector entre la ella y la 'cola'. Si incluye un 'atributo' extra, cuenta como una única palabra clave. Al menos eso es lo que he podido comprobar.
Por ejemplo, la frase "mejor restaurante de Madrid en la zona centro" te sirve tanto para la palabra clave principal como para la de cola larga.
Sin embargo, "mejor restaurante de Madrid barato" cuenta como una única palabra clave única y no se va a posicionar para "mejor restaurante de Madrid"