Vale equipo, ya se porque me fallaba, el error estaba aquí:
Enlaces permanentes personalizados
Para todos los productos de mi Ecommerce estaba intentando que se visualizara la url de los productos por sus categorías.
Ver el archivo adjunto 833108
Eso me hacia que estuviese mal, ya que lo que realmente estaba haciendo eso era personalizar mis urls de páginas por categorías, algo que no tiene sentido.
Al final lo he podido solucionar. Me he dado cuenta que para personalizar las urls de mis productos por categorías debía poner lo siguiente:
Ver el archivo adjunto 833109
Así que tema solucionado.
Muchas gracias a todos por vuestra ayuda y paciencia.
¡Saludos!