Si estas editando a mano , supongo que no tenes un panel que te obligue a usar apache,
Entonces para que usas el lastre de Apache?
Lo mejor es que uses nginx como unico web server combinado con PHP-FPM.
Fuera de eso, mas alla de que lo resolviste , no me quedo claro si lo hiciste de la manera correcta , tu problema seguro ocurria porque no tenias configurados virtualhosts en la configuracion de apache, por ende la solución es crear los mismos para cada web y listo.
Aca hay un tutorial en Digital Ocean, aunque siempre lo mejor es que lo vea un Sysadmin
https://www.digitalocean.com/commun...virtual-host-de-apache-en-ubuntu-14-04-lts-es