Es tan simple como ir a phpMyAdmin, elegir la base de datos del sitio y ejecutar la siguiente consulta:
PHP:
UPDATE `DATABASE_NAME`.`wp_options` SET `option_value` = 'URL_SIN_INDEX.PHP' WHERE `wp_options`.`option_id` =1;
DATABASE_NAME = Nombre de la base de datos
URL_SIN_INDEX.PHP = La URL limpia.