Bueno, hay quien le interesa indexar las tags, o las categorías, etc. Eso es según el proyecto. Yo creo que en webs donde no se repiten las tags es mejor no indexarlas, e indexar las categorías. Estarías indexando mucha información cuando, en realidad, si usas la tag en el header y en el contenido ya se indexa por el artículo en cuestión. Indexar las categorías y posicionarlas puede ser interesante para ganar visitas.
Dices que tienes una nube con muchas etiquetas en el index. Yo no sé si esto perjudica o no al SEO, pero dijo Matt Cutts que un montón de enlaces sin sentido no sería bien visto para Google. Que cada vez será más ideal tener los enlaces puestos de forma que sea natural. Lo que puedes hacer es lo que hice en mi blog: crear una página para los tags, y pones la página en modo "disallow" en el robots.txt. Pones un enlace a la página de tags en algún lugar de tu web y ya está. O en todo caso, hacer que la nube contenga menos etiquetas. Hay plugins que crean nubes con un número determinado de etiquetas. Yo no pondría más de 15 o 20.