¿Qué sistema CDN utilizas?¿Qué configuración usas en W3TC? En un principio sí que es posible utilizarlos puesto que el CDN distribuye tus archivos cacheados sin tener que hacer ninguna petición al servidor. Pero ya te digo que esto depende de la configuración que tengas en uno u otro ya que, a veces, más que ayudar resulta un problema.