En lo personal no recomiendo el uso de Stored Procedures si puedes resolver el problema del lenguaje de programación, en este caso PHP.
Esto lo digo por varias razones, si bien muchos programadores utilizan stored procedures, triggers, etc., en sus bases de datos, es bien sabido que el rendimiento no es tan bueno como el provisto por el lenguaje de programación, en especial a la hora de hacer cálculos, te podría decir que casi siempre es más lento, salvo muy pero muy rara excepción.
Inclusive de cara al mantenimiento del sistema, actualizar un script es mucho más ágil y rápido que actualizar un procedimiento almacenado en la base de datos. Hacer un debug de un Stored Procedures puede ser un verdadero dolor de cabeza, en cambio PHP cuenta con muchísimas herramientas para hacerlo.
Un procedimiento almacenado no devuelve demasiada información cuando las cosas van mal, encontrar un problema puede ser cuestión de horas, inclusive días, esto con PHP no pasa.
También si hablamos de escalabilidad es mucho más fácil escalar PHP que una base de datos con Stored Procedures.
Mi sugerencia es que evites utilizar Stored Procedures siempre que puedas.