En alojamientos web compartidos siempre vas a tener límite de algo, si no es de inodes, caídas, si no son caídas, de espacio, siempre existe un tope máximo de los recursos. En esta ocasión, te voy a decir lo mismo que te dirían otros usuarios o inclusive la misma empresa. Pasate a un VPS que cumpla con tus necesidades, con un setup de configuración, optimización y seguridad por parte de un Sys bien realizado ya estas completo y sin tantas limitaciones.
Como Agencia Web que ustedes son, por la cantidad de micro sitios que tienen un VPS con cPanel lo amerita, no estaría mal, lo que si incrementaría sería el costo posiblemente (O no ¿quién sabe?) y la posible capacidad de disco seria lo único que podrían tomar en cuenta en mucho tiempo.
Empresas con calidad respetable en cuanto a VPS tienes a Vultr, Digitalocean, LinoVPS, Linode,
Banahosting, Atlantic, cada cual tiene muy buenas reviews tanto acá en ell foro como en la internet en general. Sin soporte, pero con calidad balanceada cuentas con OVH entre otros.