Uy será un trabajo duro y con tiempo, hasta ahora no eh podido encontrar una solución rápida por el lado del usuario, pero dejo unas posible s alternativas con cpanel:
1.- Si aun tienes el VPS, te recomiendo comprimir en formato tar.gz la carpeta raiz de imágenes y subirla mediante ftp, si tienes usando el Cpanel descomprimelo. El formato .zip es el problema.
2.- Si tienes aun el vps, comprime la carpeta raíz en .zip y descarga a tu Pc, luego descomprime. Trata de volver a subir imágenes mediante la opción de (carga) del Administrador de Archivos. Si son muchas imagenes no tendrás problema ya que con solo arratras será mas que suficiente.
NOTA: Si quieres eliminar los archivos dañados, no podras. Para lo cual debes eliminar la carpeta entera. y volver a crear la carpeta y subir todas las imagenes por grupo.
Me indicas como te va.