Si aún necesitas ayuda con esto -últimamente entro muy poco a este foro-, t paso 1s tips:
. Por lo que dices entiendo ke tu carpeta /public está al mismo nivel ke los otros archivos d Laravel, es decir como cuando t lo instalas en localhost, lo cuál está bien si estás en localhost/development mode pero no en production. T sugiero hagas 1 move d todas las carpetas d Laravel a una carpeta al mismo nivel que tu /www o /public_html o, si lo tienes en un subdomain al mismo nivel ke su directory. La razón d esto es ke si replicas en 1 server el mismo deployment d 1 instalación d serie tienes todos los archivos sensibles en folders ke son accesibles vía técnicas d hacking elementales.
. Hecho eso vas a tener q hacer otro move, esta vez d las carpetas ke están en /public hacia el root y modificar los 'require' para direccionarlos a la nueva ubicación del autoload, bootstrap y de+.
. Dado ke las ubicaciones han cambiado has d re-declarar los symlinks (el principal es el vinculado al /storage)
Si tu sitio está infectado, t sugiero t cargues/elimines/delete toda tu instalación, y usando tu copia d seguridad procedas a remplazar los archivos usando las buenas prácticas, parte d las cuales mencioné + arriba.