Depende de lo que quieras hacer:
1- Si lo que te interesa es que el usuario pase mucho tiempo en tu web porque tienes articulos, videos, etc, te interesará una web con fondo claro para que no sea pesada.
2- Si lo que te interesa es promocionar algun sitio mediante links, anuncios, etc, posiblemente el fondo oscuro sea mejor porque lo puedes resaltar má fácilmente.
De todas formas este es uno de esos casos en que hacer pruebas A/B te soluciona el problema. Sólamente hace falta un tiempo prudencial para probar los cambios.